Tu mayor problema no será que esté en el maletero y la temp que pueda alcanzar ya que está apagado, sino que al desplazarte pueda sufrir movimientos bruscos que pueda afectar al disipador del CPU y la tarjeta gráfica.
Dicho esto, mi recomendación es desmontar la gráfica para evitar que se fracture a nivel del PCI y si puedes también el disipador del CPU, especialmente si es un disipador por aire.