yo hay algo qe no entiendo, y es, ¿Por qe quieres ahcer eso?.
La unica forma de filtrar por aplicacion seria a nivel de transporte, evidentemente IP es un protocolo de red, con lo cual no permite hacer eso qe dices. La unica forma de elegir a traves de qe interfaz quieres qe salga algo (hasta donde yo se, y estudio telematica) es con route(editando las tablas de enrutado del kernel), y route, evidentemente, solo trabaja a nivel de IP (red).
Si tienes las 3 tarjetas conectadas al mismo ruter puede usar redireccionamiento.
Un saludo y suerte.