he mirado el código fuente de ciso, que está en sourceforge, a ver si existía la posibilidad de correrlo con más de un hilo. Pero no hay nada que hacer: ciso tiene un solo bloque deflate, una sola llamada a Z_FULL_FLUSH y sólo puede correr en un hilo. No va a cambiar esto. ciso siempre será lento.
Lo que si puedes hacer es usar los comandos nice/renice/ionice para darle más prioridad a ciso.