Léete el manual de tu placa base sobre como se hace un Clear CMOS en esa placa, a veces no sobra solo con quitar la pila unos minutos.
Para actualizar la BIOS es más aconsejable descargarse el archivo con la ROM y hacerlo desde la propia BIOS, mediante un pendrive USB con la BIOS en cuestión, en algunos casos, ciertos fabricantes indican procedimientos algo distintos, como actualizar primero a una cierta versión de la BIOS y luego ya a la última disponible, etc... lo que a veces da problemas es hacerlo desde Windows mediante software, como has podido comprobar por desgracia...
Saludos.