Mira, el disco duro lo tienes que formatear a Fat32, a NTFS o a WBFS, yo personalmente que recomiendo que lo tengas en Fat32 pero haz lo que te guste.
La Wii U formatea el disco duro para usarse únicamente para guardar datos de juegos o juegos de la eShop en el HDD, eliminando cualquier partición y dándole un formato propio, no te servirá en ningún otro dispositivo ni para cargar cosas en la vWii, y tampoco puedes hacerle una partición ni nada del estilo, Nintendo borra absolutamente todo, ni siquiera tiene datos donde debería decir que Formato tiene.
Lo que tienes que hacer es formatearlo en tu PC a Fat32 o NTFS y para cargarle los juegos utilizar el Wii Backup Manager para juegos de Wii o el DMToolbox para juegos de GameCube que vayas a usar en Nintendon't.
Y por cierto, puedes cargar Homebrew e instalar wads desde la SD, no necesitas un Disco Duro para eso.