Un NUC, descártalo. Los ventiladores están lejos de ser silenciosos. No son nada flexibles.
Un thin-client, lo mismo.
Si buscas una placa con proce de bajo consumo, con capacidad de recodificar al vuelo con aceleración HW, una caja compacta que con un mínimo de ventilación refrigere bien, con espacio para 2/3/4 discos, preferiblemente de 2.5'', y lo acompañas con una fuente silenciosa, tienes un equipo perfecto.
Mi servidor de archivos se basa en Asrock J3455-ITX. No usé Plex, y no tengo claro que recodifique al vuelo con aceleración HW. Pero merece la pena mirar info en internet y, si no fuera suficiente, buscar algo superior.
Saludos.