Lo suyo es que el radiador vaya justo antes de la bomba, no es conveniente que a la bomba le llegue el agua demasiado caliente y de esta forma los bloques de agua reciben más presión al no tener otros componentes que restrinjan el paso del agua.
Lo de que esté sumergida o no da lo mismo, al estar sumergida el agua del depósito actúa un poco como radiador también dado que tiende a mantenerse a temperatura ambiente no calienta si no que ayuda a enfriar.
El circuito con dos radiadores sería:
bomba-->cpu-->gráfica-->radiador-->radiador-->depósito
O en paralelo, con lo que consigues un mayor caudal en los radiadores, te interesa si tienes tubos de 12mm:
bomba-->cpu-->gráfica-->
<-------------------------<---|
-->radiador-->depósito
\--radiador--/
Yo creo que este circuito sería el que más rendimiento te daría, he mirado mucho por internet para construir mi equipo y de esta forma aprovechas mejor la presión de la bomba y los radiadores.