Con el Virtual Dub se hace muy facilmente, pero ten en cuenta que para hacerlo todas las partes tienen que tener la misma resolucion y framerate, sino no vas a poder unirlas. Para ir uniendolas, cargas la primera parte File=>open file, y cuando la cargues, le das a file=>append video stream o algo asi, y cargas la segunda parte y luego la tercera, etc.. cuando tengas todas, las unes con File=>save as avi. Es muy facil.
P.D.: Asegurate que cuando vayas a salvar el avi final en la opcion de video tienes seleccionada la opcion "Direct Stream Copy" y en la de audio "Avi audio".
Salu2.