Hola.
Hay un hilo dedicado al ipad, te dejo el enlace:
hilo_hilo-oficial-ipad_1373105De todos modos ya que estoy te contesto. El formato que reconoce de forma nativa es el mp4. El formato mkv no lo vas a poder reproducir con el reproductor de vídeo que viene por defecto en el ipad. Tienes que comprar en la store otro reproductor que sí lo haga. Hay muchos, basta con que hagas una búsqueda en google. Yo personalmente tengo uno bastante popular que se llama AVPlayerHD, y con él podrás reproducir mkv, avi, y un montón de formatos que el ipad de forma nativa no reproduce.
Eso sí, yo tengo el ipad 1 y la fluidez de los mkv no es muy buena, sobre todo los de 1080p. Pero por lo que tengo entendido es por falta de potencia del aparato, por lo que en el ipad 2 no hay problema y sí van perfectamente.
También puedes convertir tus mkv a mp4 con algún programa y meter los mp4 al ipad, pero se me antoja muchísimo más práctico gastar unos pocos euros (entre 3 y 5 creo que me costó a mí) en un programa que reproduzca los mkv sin más.
Espero haberte sido de ayuda.
Un saludo.