Lo que dices no es ningún problema. Lo que sucede con NTFS es que al ser un código cerrado todavía no se dispone de soporte de escritura pero si de lectura. Vamos, que puedes entrar a tu partición de hase ycopiar datos de hase a linux, pero no puedes escribir en la de hase desde linux, y por tanto no puedes copiar datos de linux a windows. Si te interesa hacerlo deberías crear una partición con formato FAT32 para compartir entre ambas.
Un saludo