Buenas
Prueba a hacer esto:
Con partition magic (por ejemplo) la segunda particion, la de datos transformala o creala como particion extendida y dentro de esta crea la unidad logica, como si fuese un disco duro, el problema es que no todos los programas de particionado te reconoceran el pendrivee como unidad de disco,( incluso el propio partition magic, depende de la version, preferiblemente la 8.0.0)
El problema reside en que si generas 2 particiones primarias en pendrive solo una estara visible( la primera generada) y por el contrario de esta forma podras acceder a las dos desde windows y desde cualquier sistema.
No lo he probado nunca pero lo veo en un rato y te digo si va todo correcto.
Esitado:(un pequeno tecnicismo erroneo