Yo tengo todos mis externos y pendrives en exFAT. Permite archivos mayores a 4GB y desde Snow Leopard 10.6.6 en adelante tiene soporte *oficial* por parte de Apple, las velocidades de transferencia son notoriamente mejores a las soluciones de terceros con NTFS. Y desde Windows XP SP3 con hotfix en adelante tiene soporte en ese OS.