no estoy de acuerdo con las anteriores opiniones. lo de la resta viene de que a ambas funciones les sumas un cierto valor real M, que es el mínimo de la función que hay debajo. así haces que el mínimo de dicha función pase a ser punto de tangencia con OX, por lo que ambas funciones son positivas. y si haces la resta te queda efectivamente la mayor menos la menor, porque las M se te van.
Es decir, me explico: Si quieres hallar el área encerrada entre dos funciones en [a,b], y tienes que f(x) mayor o igual que g(x) en ese intervalo, y sea M el valor de la ordenada del mínimo relativo de g(x):
Área=Integral desde a hasta b de [(f(x)+M)-(g(x)+M)]·dx=Integral desde a hasta b de [f(x)-g(x)].
Además, cuando por ejemplo tienes sólo la gráfica de una función f(x) y quieres hallar el área encerrada bajo el eje OX entre dicho eje y la función, el origen del signo menos es que a la función mayor (y=0) le restas f(x), y por eso te queda -f(x)
Espero haberte ayudado.
Un saludo.