Funciona perfectamente cogiendo otro orig.bin como comentaris.
Hace poco probé en un BenQ a intentar generar un orig.bin partiendo del firmware actualizado con ixtreme. Extrayendo el que ya tienes en el lector, copias su key con el toolbox, abres el orig de otro lector IGUAL y le pegas tu key, grabas y actualizas este firmware al lector. Listo, ya tienes un lector con su firmware 'original'. Esto lo hice como prueba, ya que conservaba el orig.bin y quería ver si valía el otro proceso.
Lo que probé después fue a compararlo con el orig.bin auténtico (el que conservaba) para ver si eran iguales los archivos, pero el md5 no coincidía. Algo más debe haber para que no sea el mismo, pero no creo que se note incluso en el SAT ya que prácticamente está sin modificar: no lee nada que no sea original, entonces comprobarán esto y vía.