No es necesario para nada, lo lógico es que si trae una actualización sería un IOS38 y por lo tanto da igual que tengas instalado un IOS249 porque son totalmente independientes, ya que los IOS sólo se usan cuando la aplicación en cuestión lo pide (el menú del sistema creo que todavía usaba IOS30 si no recuerdo mal). Así que sólo sería necesario que te vieras obligado a reinstalar cIOS en caso de que Nintendo buscando acabar con el backup loader creara un IOS249, pero sería algo absurdo, ya que con volverlo a instalar se solucionaría.
Resumiendo, que no te preocupes por nada, que un cIOS no afecta para nada a las actualizaciones.
