El modo Weapon Master es una especie de aventura por misiones. Si has jugado a la precuela de DC lo entenderás. Segun vas avanzando vas consiguiendo experiencia y oro. La experiencia no se aún para qué sirve, con el oro puedes comprar (desbloquear) cosas en la tienda, como armas, por ejemplo. La aventura estadividida en capítulos, normalmente al acabar uno desbloqueas algo (modos de juego, personajes...).
Las misiones son sencillas, casi todas tratan de cargarte a uno o más contrarios, a veces con unas condiciones especiales (hay viento, el adversario se regenera... mil cosas). Salvo la 1ª misión, que es un tutorial, las demás son muy intuitivas.
Para dudas concretas hay un hilo al respecto (Hilo para atascos en SC2 Weapon Master, o algo así), esa 1ª misión está explicada allí.