Para solucionar eso tienes que poner en el windows (2º boton del raton en el escritorio "propiedades"...) la MISMA RESOLUCION a la que vayas a jugar en el juego y MUY IMPORTANTE 60hz en el refresco del monitor.
De esta manera, cuando entres en las "settings" del PES podras activar la sincronizacion vertical y al entrar al juego ya notaras desde el primer momento cuando aparece el logo de KONAMI, que se le quita el parpadeo que antes si aparecia en el logo, y ya en el propio juego, veras como al echarte los partidos va suave suave sin los molestos "saltitos de la pantalla".
Esto sirve para todos los PES ya que tienen el mismo fallo sin corregir, lo he comprobado tanto en el 6, 2009 y 2010 que los tengo instalados.
Espero que te sirva, saludos!