Sip, si que se puede.. Haces el proceso anterior para listar los archivos, y eliges el que quieres borrar.. Luego espichas la tecla supr.. Aun asi, te recomiendo que en vez de usar tu navegador para transferencias ftp, uses aplicaciones diseñadas exclusivamente para eso.. Entre ellas encuentras FireFTP (Es una extension para firefox, pero que funciona de lujo, yo lo uso..), FileZilla (Bastante bueno a mi parecer), entre otros...