Yo te puedo responder en base al 1, que basicamente es lo mismo.
Es cierto que los combates al principio son chungos, te recomiendo que empieces matando a los enemigos a distancia hasta que cojas experiencia y buenas armas.
Te recomendaria un ranger para (aunque a mi me gustan los hunters).
Las misiones alternativas son igual de dificiles, simplemente te dan dinero por llegar a cierto lugar.
Sobre lo del salvado me puedo imaginar que te pasa lo mismo que en el 1: para acabarte una stage completa tienes que hacerte todas del tiron (forest 1,2,3...) y despues salvar. Si salvas tras pasarte 2 por ejemplo, empiezas en la 1.