tienes que mirar si lo que quieres es rendimiento o legibilidad de codigo.
PHP tiene a favor que es 'el visual basic' de la web, puedes tener en muy poco tiempo un site corriendo con BBDD, el problema llega cuando el tamaño del site llega a cierto limite en el cual resulta muy complicado seguir añadiendo caracteristicas nuevas o modificar antiguas.
JAVA tiene a favor que al ser un lenguaje tan estricto y por concepcion tan modularizado en clases, cuesta bastante mas trabajo echar a andar el sitio, pero una vez funcionando, es bastante sencillo añadir nuevo contenido/codigo sin afectar al resto del site.
En velocidad, PHP es usualmente mas rapido que Java, que recordemos, es una maquina virtual con toda a sobrecarga que eso conlleva.
por supuesto esto no es ciencia exacta, ya hay maquinas virtuales java y gestores de BBDD nativas Java que abofetean a PHP en rendimiento, a su vez PHP tiene distintas extensiones como eAccelerator o ZendOptimizer que hacen que corra muchisimo ante situaciones de mucha carga... Tambien hay gente especialmente meticulosa que hace codigo PHP que es una dulzura leer, y otra gente que hace codigo Java que directamente te hace vomitar del mareo que te da al leerlo.
al final todo se decide en lo que te ofrezca el hosting y lo grande que sea el proyecto. para que merezca la pena Java el proyecto tiene que ser MUY GRANDE, y por muy grande hablo de un programa de gestion totalmente integrado. pero si lo que quieres es un foro, un sistema de descargas y una contabilidad de usuarios, no lo dudes: PHP. Rapido y sin dolores de cabeza. Sin embargo en cualquier cosa que maneje dinero de forma mas o menos critica, usa JAVA...