La unica diferencia apreciable es el aspecto, porque tecnicamente son casi identicas. La version CF se adapta perfectamente al hueco de GBA de la DS, aunque la tajeta sobresale lo que ya has visto. Puedes quitar la tarjeta si quieres mientras juegas si te molesta mucho. En la version sd, lo que sobresale es el cartucho, porque la sd se inserta dentro del cartucho. Para gustos colores. Personalmente eligiría la tarjeta que te saliera más barata y la que fuera compatible con algun otro dispositvo electronico que tuvieras(pda, camara digital, etc).
Un saludo.