Buff... a mí también me pasaba, pero ahora no recuerdo como lo solucioné. El tema era que cuando jugaba a un juego, al apagar la consola la partida salvada se quedaba en un fichero temporal, y si sacaba la tarjeta de la consola sin poner otro juego diferente antes, la partida desaparecia.
Ahora mismo no recuerdo si se solucionó con una actualización o si había alguna opción para que guardara la partida directamete en la sd, pero los tiros iban por ahí...