A mí me pasó lo mismo con el CFW 3.55 Kmeaw, y la verdad es que por lo que he leído por ahí es raro que ocurra.
A mí lo que me pasó fue que al iniciar un juego original, del que ya tenía algunos trofeos ganados, se me reiniciaron a 0 % de nuevo. Esto sólo pasaba una sola vez, me explico: Al volver a iniciar el juego, si había conseguido algún trofeo, éste seguía estando, pero claro, ya había perdido los trofeos que tenía en un principio.
En resumen, lo que me pasó a mi es que se reiniciaron a 0 % pero sólo una vez. Después no vuelven a reiniciarse.
Eso creía hasta que un día volvieron a aparecer todos los trofeos que tenía de ese juego. (No he vuelto a probar si al iniciar de nuevo el juego se vuelven a reiniciar).
Así que no te preocupes, algún día volverán a aparecer, y si no, pues a volver a conseguirlos.
Un saludo.