Sí que se borran, pero si la usas frecuentemente notarás cuando empieza a fallar, así que sería tan sencillo como cambiar la pila mientras la consola está encendida (sin problemas) y de éste modo no se pierden los datos.
Las memory card no pierden los datos y no usan pila, creo que es memoria flash o similar. Eso sí asegura que los tienes bien conectados al empezar a jugar, ya que una vez la consola encendida no se debe quitar el cartucho. Si la tienes mal conectada corres el riesgo de no poder salvar, o que se corrompa el archivo, como es lógico.