No pasa nada por cambiar las pila. Yo lo he hecho varias veces.
De todos modos, si se te ha gastado la pila, lo máximo que notarás es que el reloj no marca bien la hora y que al arrancar, coge los valores por defecto. Si se te cuelga, es que se te ha estropeado o desconfigurado algo que no tiene nada que ver con la pila.
Encontrarás la pila por cosa de 1€ en cualquier tienda de electrónica o similar.