¿Recuerdas cuando vas a la feria de Yokohama, que existen los triángulos para comprar objetos y luego hay una especie de esfera azul?
Esa esfera azul recupera tus Vitality Points (VP). Los VP bajan a cada combate, cuantos más turnos uses y más dañen a un personaje, más baja, y cuando llegan a 0, pasa lo que dices: Empiezan la batalla con 1 de Hp y 1 de Ep.
Tan sólo has de ir a esas esferas para recuperar los VP de cada personaje. Si no, siempre puedes ir a Edit Party y cambiar a los personajes (sean golems o humanos) por otros golems con sus VP completos.