Si usas la entrada delentera de micrófono, ten en cuenta que normalmente es una entrada diferente de la posterior y que tendrás que seleccionarla correctamente en la configuración de Skype. A mi esto me ocurrió una vez, y el síntoma era parecido al que describes, pues parece ser que en mi placa base no están bien aisladas las dos entradas de micrófono, y por la entrada trasera se "cuela" algo de la delantera, pero con muy poco nivel, y que al amplificar daba lugar a distorsiones importantes.
También puedes mirar en la parte de propiedades de grabación del mezclador de WIndows a ver si en el micrófono hay algún botón de propiedades avanzadas. Si te aparece suele tener opciones de amplificación de micrófono y de filtrado que te pueden ayudar.
