Tiene toda la pinta de que el disco duro está mal,ya me he encontrado este mismo fallo antes reparando 2 consolas,también lo puedes escuchar en ordenadores.Hace lecturas de vez en cuando y al no ir ya correctamente suena un ruido extraño,como si rozara algo y le costara leer,acompañado de un pequeño pitido aleatorio.
Prueba con otro disco duro,lo formateas en la ps3 y ya nos cuentas,pienso que tienes ese problema
Un saludo