Para estos casos, (teóricamente, porque yo no lo he probado y nadie me lo ha asegurado 100%) haciendo un sysprep en la máquina antes de cambiarle la placa deberías poder conservar el windows. Eso si, tendrías que instalar los drivers de la nueva placa de antemano para que detecte todo en el primer arranque.
Como digo no es 100% seguro que funcione, pero la utilidad esa está creada específicamente para estos casos.