Desde hace muuuucho tiempo, el JungleFlasher incluye el Port/IO, es probable que los Sata de tu motherboard no sean compatibles bajo Windows, a veces, por que los sata no admiten el "arranque en caliente", a veces pq los drivers del chipset tienen problemas de compatibilidad, etc..., pero ello, no supone que no puedeas hacerlo bajo msdos, no serias el primer caso, ni el último.
Saludos