Muuuy rara tendría que ser la placa para que no funcionase (es más dudo que haya alguna que no, como mucho no te puede detectar los sensores de temperaturas).
Otra cosa son los portátiles, pero en sobremesa, el 90% de los componentes están estandarizados: IDE, PATA, SATA, USB (UHCI, OHCI, EHCI), etc.