he bueno mira para crear un pc para hacer lo que tu quieres tienes hartas posisbilidades, pero te doy mi experiencia:
supuestamente antes todas la placas con chipset VIA funsionaban con todos los lectores, pero hasta un tiempo empezaron a alir un nuevo chipset de las serie S que son las nuevas las cuales no son compatibles con los lectores samsung, yo por mala pata me habia comprado una de las serie S asi que tuveque salir a comprar un adaptador PCI con puertos SATA con chipset VIA 6421 la cual si es compatible con todos los lectores
Mi consejo es que busques una placa con chipset VIA de las serie R eso lo puedes ver en la misma caja donde esta el codigo de barra o si no comprarte un adaptador con dicho chipset via, donde yo vivo me costo en contrarlo pero lo encontre y muy pero muy barato para lo que entrega (jeje)