Hombre tonificar yo lo veo sencillo. Si sólo es tonificar con correr te sirve aunque lo mejor sería la bici. Correr a tu ritmo, ni muy fuerte ni muy despacio cada día si es posible.
Bici hace lo suyo e incluso caminar mucho cada día, y si es por cuestas mejor. Subirse una sierra o algo una vez por semana tonifica de cojones, pero no dejes de andar a diario.
Para resistencia en piernas los ejercicios que más me han jodido siempre son las sentadillas ( hechas despacio y/o subiendo rápido y bajando despacio ), mejor en máquina de gym para concentrar más el ejercicio. Y también bici estática levantado del sillín cada x tiempo: 2 minutos normal y 1 minuto ( o lo que puedas al principio ) levantado dando fuerte con resistencia alta. En bici "al aire" igual pero que te cueste algo pedalear.
Para mí los mejores serían:
Series de 50 con cada pierna ( a tu ritmo ). Se puede hacer todos los días.

Y éste:
3 o 4 series de 15 repeticiones descansando 1 día o 2 si lo combinas con el de arriba.

Comienza sin pesas y luego con pesas dependiendo tu nivel de forma. Estando de pie da un paso hacia delante y flexiona, te recuperas y repites. Primero sin pesas. Jode bastante.
.. jur.. otro ejercicio bueno es al ir a ca-gar, no sentarse y mantenerse ahí culo-tenso a pocos centímetros de la "taza" y cagar apretando como un tejón que lucha con un leopardo.