Tu problema tiene facil solucion. Me paso algo parecido.
-Primero fijate que la carcasa de la ps2 este bien acoplada, es decir, que no se le haya roto ninguno de las patillas para los tornillos. Fijate mirando todo el canto y mira la junta entre ambas partes de la carcasa.
-Segundo, ese ruido de roce que escuchas es la pieza blanca redonda que lleva la tapa de la carcasa, que no termina de asentar bien sobre el disco. Por lo tanto, una vez comprobado lo de antes, como ultima solucion casera que yo use es ponerle algo de mucho peso encima de la tapa una vez metas el swap magic y posteriormente el back up. Asi ya no roza nada y te leera bien el disco. Del otro modo iba frenado el disco y no daba las revoluciones necesarias para su lectura.
saludos