Pues si has formateado el disco duro, o bien está a punto de cascar el HDD, o bien tu PS3.
Yo le metería un formateo a bajo nivel directamente en un PC y luego un programa para ver si tiene sectores defectuosos y lo montaría después de nuevo en la PS3.
Si sigue mal, pues te tocaría cambiar de disco duro.
Y si todo eso falla, pues podría ser la PS3. ¿Es una FAT? ¿La has desmontado alguna vez? ¿Miraste la pasta térmica?