Gracias por la respuesta, pero ya he encontrado la solucion a mi torpeza.
Despues de haber actualizado a 3.2E con un backup que circula por aqui, seguia con lo mismo, ERROR 001
Se me ha ocurrido volver al principio, activar el wiikey, sin problema, actualizar el wiikey, y ahi tenia el fallo, al actualizar el wiikey con la version 1.9s por error, o mas bien por no leer, la actualizacion lo primero que hace es una comprobacion de que el chip esta bien con un cuenteo del tanto por ciento (que yo creia que era la actualizacion y reseteaba la consola por lo que lo unico que tenia era el wiikey activado), y luego si sale correcto, te da la opcion de actualizarlo con otro cuenteo del tanto por ciento con la actualizacion del chip.
Por lo tanto en la actualizacion del wiikey 1.9s, 1ºComprobacion del chip 2ºActualizacion y todo perfecto y funcionando.