Vayamos por partes, por un lado lo que decis de la flash, es cierto puedes cambiar su contenido por otro, pero no ir modificando los archivos a tu gusto como si fuera una ms o disco duro. Es por esto, que si en medio de una actualizacion(que lo que hace es primero borrar la flash, y luego meter la nueva) te quedas sin bateria, se cuelga la psp, y un largo etc. como luego no tienes nada en la flash(que si no me equivoco debe ser lo primero que lee la psp), tienes un bonito PiSaPapeles de diseño y muy caro.
Pero bueno, para solucionar esto siempre queda la opcion de sacarlo todo y despues volverlo a meter con la parte modificada.
Por otra parte, lo de desoldarla y meterla en un programador, como que no porque para volver a soldarla con garantias, se necesitan unas maquinas que valen un paston, por ahi habia un hilo de una persona que la desoldó y se explicaba mejor el tema, si usais la busqueda fijo que lo encontrais