La App Store es buena idea, simplemente debe tener políticas "legales" y "seguras", legales en el sentido de que no puede incumplir patentes (como por ejemplo codecs de video, VLC) y, "seguras" es pq no permite ciertas cosas que en según que manos podrían suponer un peligro para los usuarios, es decir el objetivo es crear un lugar de software 100% legal y seguro.
[Off Topic]Java es un coladero de seguridad, así que es normal que no se permita, de hecho parece que últimamente se está en una especie de empeño de erradicarlo, mirad que OS X Lion ya ni lo tare por defecto, y no sé si será cosa mía pero me da la sensación de que en la balanza web se está volviendo al PHP en detrimento del Java, es decir que hace unos años en el boom del Java parecía que todas las webs se pasaban a Java y ahora me parece que vuelve a haber más PHP.
Mi opinión es que para seguridad del usuario, habría que quitar de en medio tanto a Flash como a Java, los 2 grandes coladeros de seguridad. Serán prácticos pero como se suele decir, se os ha dado bastante la oportunidad pero si no habéis sido capaces de ofrecer algo seguro para esto (y mira que han tenido tiempo) pues dejad a otro, como por ejemplo HTML5 en lugar de Flash (cualquier navegador pilla el HTML5 equivalente al Flash, el canvas, incluso el iOS 3.1.3 que es el que usa el 1er iPod Touch/iPhone), y PHP/AJAX en lugar de Java que hace todo lo mismo pero más rápido y más seguro, y dejar Java como lenguaje para aplicaciones multiplataforma.
[/Off Topic]Un buen sitio donde descargar aplicaciones fuera de la Store es
MacUpdate con buscador y todo, y calificaciones por parte de los usuarios.
No creo que Apple corte nunca definitivamente la posibilidad de instalación que no sean de la App Store, ya que en el entorno profesional muchas veces necesitas instalar programas/módulos hechos a medida que evidentemente no van a parar a la Store. Estamos hartos de ver ejemplos en los "making of" de las películas, donde el susodicho software se da a conocer por 1ª vez precisamente en ese film para luego pasar a formar parte del conjunto de aplicaciones que, por otra aprte, nunca acaban pasando a formar parte de la Store (claros ejemplos los programas 3D).