Debemos colocar la bios de neogeo en la carpeta de los emuladores dentro de la nes/snes mini.
Para ello descargamos neogeo.zip (sha1: fc97afeabcfcea927a868294e9d5863d726fefae). Puedes encontrar varios Googleando.
A continuación, abrimos utilizando hakchi una conexión FTP con nuestra consola previamente flasheada (Tools-> Open FTP Cliente)
Navegamos partiendo de donde estamos hasta: etc-> libretro ->system (etc/libretro/system/)
Allí (etc/libretro/system/) dentro de la carpeta system colocamos nuestro fichero neogeo.zip (supongo que esto vale para cualquier bios no solo neogeo)
Ahora, ya solo tenemos que subir nuestros juegos Neogeo a la consola de forma normal y ejecutarlos con el emulador (yo uso fba2016 y no me ha fallado ninguno)
Nota: Yo marco el Emulador NeoGeo y Core sin asignar por una cuestión de ordenar las carpetas (creo carpetas personalizadas) en el menú de la consola (este proceso de marcar el emulador tengo que ir Rom de una a una no me deja varias pq me borra el comando, pero luego me quedan marcadas como juegos de NeoGeo y me mola). El comando de ejecución queda de la siguiente manera:
Ej)
/bin/fba /var/games/XXX-XXXX/mslug.zip
PD: Dejo una imagen que edite para la consola Master System II que yo conocí, por si alguien quiere personalizar carpetas.