Pues según la página de Apple, tienes la opción para ambas cosas.
Es decir, por un lado hay una nueva aplicación ya incluida en el iPod Nano, que utiliza el acelerometro que tiene incorporado a modo de podometro, y te cuenta los pasos que das, y las calorias que consumes, pero poca cosa mas.
Por otro lado, si utilizas el sensor de Nike+, en vez de utilizar el acelerometro interno del Nano, utiliza el sensor que va en la zapatilla (y sigues necesitando el emisor conectado al Nano), y parece ser que tienes acceso a mas cosas: datos del entrenamiento, historicos, etc., asi como la posibilidad de sincronizar los datos de tus entrenamientos con iTunes y con la página web de Nike+.
De todas maneras, a medida que la gente vaya comprando el nuevo iPod Nano, supongo que iran confirmando todo esto, porque son suposiciones mias.
Un saludo.