Bueno, el soft de Wii no ha de tener ningun problema para acceder al hard de GC directamente, asi que nada impediria usar mandos/perifericos de GC en Wii si se programa asi.
En cambio lo contrario es o bien imposible o requiere una capa de emulacion que no ha de ser compatible directamente con todos los juegos. Deberia ser el sistema operativo el que se encargara de cosas como esa.
En PS2 hicieron lo mismo, las memorias de una solo valen para una y las de la otra para la otra, los mandos en ese caso son identicos y seguramente desde el punto de vista del procesador son iguales (no le quitaron ni el boton de "ANALOG").
Personalmente no creo que te den una utilidad para mover las partidas de GC a las SD, lia el tema para los no iniciados, y aunque se pudiera no se yo si permitirian intercambiar por internet.