no, no es tan sencillo.
generalmente, los discos multimedia son quisquillosos con respecto a las particiones.
yo redimensionaría el disco, dejando libre la parte final del mismo. así, la partición primaria sería la misma que tiene hoy en día, pero mas pequeña.
la segunda partición, debes crearla como primaria (no extendida), para que te la pueda reconocer cualquier USBLoader.