A mi me ocurría eso mismo, es más, se me quedaba la pantalla en azul y me decia que la memoria estaba dañada. Lo arregle instalando la ultima version del S.O en la supercard disponible en su web oficial o en nds.scenebeta.com (en la cual lo tienen en español).
Mas concretamente es la version 3 SP7. Mira a ver si eso, si no ni idea jeje