Los Pokemon de GBC con reloj interno sí funcionan en el flash de GBC, pero el problema es que el reloj no les funciona, y siempre es de día o de noche. Muy rara vez al cargar el juego te dá un error de hora y te permite cambiarla.
Es de suponer que en GBA pasará igual (el pokemon ruby/saphire funcionan OK, aunque no cambie la hora)