Como ya han dicho, la pila sólo es para el reloj, pues la partida se guarda en una flash y no se perderán nunca los datos, lo único que pasará es que no habrá eventos temporales: no crecen las bayas ni te darán bayas los personajes que lo hacen, no hay manadas pokémon, no hay liquidación en el centro comercial, ni aparece la Isla Espejismo, y la marea de la Cueva Cardumen no cambia. Y no puedes hacer que Eevee evolucione a Umbreon o Espeon, dependiendo de a qué hora del día se haya quedado parado el reloj, sólo podrá evolucionar a uno de ellos. Y alguna cosilla que me dejo por ahí seguro. Si se te ocurre conectar dos cartuchos para hacer mezcla de récords sólo lo podrás hacer una vez, pues sólo estaba permitido conectarse entre dos cartuchos específicos una vez al día, y con diez cartuchos distintos al día. Esto no se aplica a los intercambios de pokémon ni a los combates multiplayer.
Los juegos de Pokémon Rojo Fuego y Verde Hoja no tienen pila, pues no tienen reloj interno ni eventos que dependan del tiempo, así que estos no tienen este problema.