En primer lugar, se ha dicho varias veces que al usar ciertos juegos originales (entre ellos, los Pokémon) en una SysNAND en 4.x, corrompe las partidas y las borra.
Luego, respondiendo a tus preguntas...
1. Si actualizas mediante el juego, se actualizará a la que le corresponda al juego, no a la última.
2. Yo quitaría RxTools (que sigo sin entender por qué se usa, al igual que lo del perfil de DS) y pondría Luma, que es más sencillo de instalar y trae más funciones.
3. Lo dudo muchísimo, ya que ya estaría borrada. De todas formas, de esto no estoy muy seguro, pero eso.
