Son diferentes. Colloseum es el 1º cronológicamente, y el X.D ocurre unos años después que el primero, por lo que visitarás varios parajes iguales, aunque un poco cambiados con el tiempo, asi como sitios nuevos. Y la historia como imaginarás, continúa en el 2º.
Bulbasaur, en ninguno de los dos juegos aparece, pero como te han dicho, podrás pasarlo de alguna versión de GBA con el cable GBA-GC.
El mejor de los dos, eso es algo subjetivo, para mi fué Colloseum, se me hizo más completo, aunque el 2º parece ser más interesante la historia, pero me resultó más vacío en contenido.