Hombre, yo pondría como primario el nuevo, pero claro depende como vayas a hacer las particiones, ya que no hace falta necesariamente que esté el arranque de los dos en una sola partición. Os cuento como lo tengo yo y asi acabamos:
Disco duro 40 Gb:
1ª partición: 1Gb, Primaria, W98 SE, para programación con acceso directo a hardware.
2ª partición: 5Gb, Primaria, WXP Pro, Sistema y programas esenciales solamente.
3ª partición: 17Gb, Extendida, Sin sistema, datos, juegos, etc.
4ª partición: 2Gb, Extendida, Linux, sistema
5ª partición: 3Gb, Extendida, Linux, datos
6ª partición: 0,5Gb, Extendida, Linux Swap
7ª partición: 8Gb, Extendida, Exclusiva para el burro
8ª partición: 3,5 Gb, Extendida, Backup, para hacer ISOs, etc.
Así lo tengo todo bien ordenadito.
Las unidades de arranque, W98, WXP, Linux; están ocultas mientras esté activa alguna otra. Por ejemplo si estoy en el Windows XP este no ve ni al 98 ni a Linux. Esto es muy útil, ya que en caso de que algo pasase no se tocarían las demás. Además así se evita que sobre todo el W98 se vuelva loco al ver al XP o al Linux, que suele pasar.
¿Qué como se hace esto? Muy sencillo, o con el Partition Magic o con el gestor de particiones de Linux, se ocultan dos de las particiones, y en la que queda activa se instala un sistema y asi con el resto. Para seleccionar el arranque hay dos métodos, o por ejemplo con el PQBoot del Partition Magic, para activar la partición que nos interese, simplemente eligiendola, ó instalando un gestor de arranque como el XOSL (eXtended Operating System Loader), que lo gestiona desde el inicio, dejandote iniciar desde cualquiera.
Saludetes