Con MKVMerge-GUI de MKV ToolNix abres el primer archivo, despues uno a uno arrastras los demas videos a la ventana de MKVMerge_GUI y podras ordenarlos, finalmente despues de configurar relacion de aspecto y velocidad de cuadro de cada video, poner el IDIOMA de audio y subtitulos -si es que lo tiene- y poner un nombre a cada Segmento de video usas el boton START MUXING.
Ahora desde cualquier reproductor que tenga filtros para MKV o con el Haali Media Splitter -y cualquier reprductor incluido el Windows media- podras elegir el video que desea ver de la lista de contenido del Matroska.
Igualmente puedes abrir el primer video en MKVMerge_GUI y acto segudi usar el boton APPEND para ir agregando uno a uno los demas archivos, de esta manera uniras en un solo video cada archivo agregado y en este caso necesitarias de crear tus CAPITULOS para identificar rapidamente el inicio de cada video si es que quieres ese comodidad.
Igualmente si creas un archivo de capitulos o escenas -basado en linea de tiempo para cada escena- puedes tener un control mas preciso sobre que escena quieres ver de cada video que elegiste de la lista, tal cual como en cualquier DVD de video.
AVI y MKV son contenedores de video y ambos -al menos cuando usas DivX/XviD en el caso de AVI- admiten la creacion de menus en donde puedes tambien hacer continua la reproduccion de los capitulos, DIVX Converter, DVD Author with DivX y ahora no recuerdo como se llama la herramienta que encuentras en DivXLabs te permiten hacer tus menus.