Las opciones de línea de comandos (-w, -window y demás) no van a funcionar a menos que el propio juego las tome en cuenta, sino, da igual lo que pongas.
Luego, hay comentarios por la Red que dicen, que con ciertos programas se puede forzar a un juego a ir en ventana siempre que funcione con DirectX (no todos los juegos lo hacen pese a correr en Windows), aunque nunca he probado nada de eso.
A ese respecto desde luego me encanta la solución de Steam, que pulsando una combinación de teclas puedes acceder a una pantalla en la que tienes incluso un navegador.
Salu2